В 2006 году ОАО «Чебоксарская  ГЭС» выработало 2 079,116 млн. кВтч электроэнергии или 94,5% от плана (на 74,9 млн. кВтч меньше, чем за 2005 год). Причиной недовыработки явилась работа в условиях пониженной приточности в Чебоксарское водохранилище в I-III кварталах в рамках режимов, установленных Федеральным агентством водных ресурсов Минприроды РФ.

С января по декабрь 2006 года Чебоксарская ГЭС являлась участником оптового рынка электроэнергии (ОРЭ) в составе ТГК-5. В связи с этим, в 2006 году прибыль станции складывается из нескольких составляющих (по договору аренды и договору о предоставлении услуг ОАО «Чебоксарская ГЭС» территориальной генерирующей компании ТГК-5). В итоге  чистая прибыль ОАО «Чебоксарская ГЭС» за 2006 год в соответствии с бухгалтерским отчетом составила 29 млн. рублей (в 2005 г. этот показатель был равен 87 тыс. рублей).

Общая сумма выручки ОАО «Чебоксарская ГЭС» за отчетный период составила 622,6 млн. руб. (без НДС),  что на 92 млн. рублей больше выручки за 2005 год.

За 12 месяцев 2006 года Чебоксарская ГЭС перечислила в бюджеты всех уровней и внебюджетные фонды налогов на общую сумму  250 млн. руб. (на 5 млн. меньше, чем в 2005 году). В том числе: в федеральный бюджет – 96 млн. руб.,  в областной –  154 млн. руб. Плата за пользование водными объектами («водный налог») составила  20 млн. рублей.

На работы по техническому перевооружению гидростанции (реконструкция и ремонты основного и вспомогательного оборудования) в отчетный период было освоено 217,5 млн. рублей (что на 67,8 млн. больше затрат 2005 года). Проведена замена системы управления гидроагрегатами №5 и №6 на программно-технический комплекс «Волна», реконструированы затворы и парк насосного оборудования, обновлена системы телемеханики, отремонтированы гидроагрегаты №10, №9 и №2. Начата реконструкция лопастей рабочего колеса на седьмой машине. Проведена реконструкция автоматизированной информационно-измерительной системы коммерческого учета электроэнергии (АИИС КУЭ).

Проводимые работы снижают затраты на дальнейшее техобслуживание, а также обеспечивают надежность, безаварийность эксплуатации ГЭС, бесперебойную выдачу электроэнергии в единую энергосистему.