Чебоксарское водохранилище включено в перечень водохранилищ, которые будут находиться в исключительном ведении федеральной власти.

Правительство России утвердило перечень стратегически важных водоемов, которые будут находиться в исключительной федеральной собственности. Использование их водных ресурсов осуществляется для обеспечения питьевого и хозяйственно-бытового водоснабжения двух и более субъектов Российской Федерации.

В перечень вошли 70 водохранилищ, в том числе и Чебоксарское водохранилище, расположенное на территории трех субъектов федерации – Чувашской Республики, Марий Эл и Нижегородской области.

В России около 5 миллионов водных объектов. Согласно новому Водному кодексу, который вступает в силу с 1 января 2007 года, они могут иметь разную форму собственности: федеральную, собственность субъекта Российской Федерации, муниципальную, частную. Часть своих полномочий в управлении, использовании, охране водных объектов федеральный центр передает регионам.

Однако перечисленные в Распоряжении Правительства России водохранилища не могут быть приватизированы. Субъект, на территории которого такое водохранилище находится, не имеет права отдать его кому-то в пользование по договору. Управление таким водохранилищем, а также его охрана, обеспечение экологической безопасности будет находиться в ведении только  федеральных органов власти. В настоящее время эксплуатацию водохранилища осуществляет Федеральное государственное учреждение «Верхне-Волжское бассейновое водное управление» (его подразделение в регионе - отдел водных ресурсов по Чувашской Республике).