Ряд статей Устава города изменен, дополнен или изложен в новой редакции. Изменения затронули различные сферы деятельности органов местного самоуправления города, включая социальную, культурную, экономическую. Подвергся корректировке порядок отзыва депутата Новочебоксарского городского Собрания депутатов и главы города Новочебоксарска Чувашской Республики.

Изменения в Устав внесены решением Новочебоксарского городского Собрания депутатов от 29 мая 2006 года  № С 12-1 и  прошли госрегистрацию 26 июня 2006 года.