В течение всего учебного года в общеобразовательных школах города шла напряженная работа по подготовке выпускников 11 классов к единому государственному экзамену.    В помощь выпускникам 2006 года на портале ЕГЭ Министерства образования Российской Федерации задолго до проведения государственной аттестации были помещены демонстрационные материалы, включающие образцы тестов ЕГЭ. Многие школы по договоренности с Центром новых образовательных технологий Министерства образования и молодежной политики Чувашской Республики провели на базе своих школ пробное тестирование по математике и русскому языку, результаты которого обрабатывались по специальной технологии специалистами Центра.   22 апреля 2006 года проведен городской пробный экзамен по математике. в форме ЕГЭ по материалам и технологии обработки результатов, предложенным Центром новых образовательных технологий. Таким  образом, в городе прошла  достаточно серьезная подготовка в единому государственному экзамену.

В 2006 году Министерством образования и науки Российской Федерации было принято решение о проведении ЕГЭ на территории Чувашии по девяти предметам, в том числе обязательным являлся единый госэкзамен по математике. Из предметов по выбору наиболее востребованным оказался ЕГЭ по русскому языку, который сдавало 93 % выпускников школ города. Далее по рейтингу востребованности можно расположить ЕГЭ по физике (сдан 18% выпускников), по обществознанию (сдан 15% выпускников). От 4 до 7 %  одиннадцатиклассников выбрали в форме ЕГЭ экзамены по истории, химии, биологии.  Меньше всего желающих оказалось на ЕГЭ по географии (5 человек) и на ЕГЭ по иностранному языку ( человек).

В целом, результаты ЕГЭ – 2006 года оказались достаточно высокими по сравнению с республиканскими показателями. Так, по среднему баллу (из 100) результаты ЕГЭ по таким предметам, как математика, русский язык, обществознание, химия, биология история, география превышают средний балл по Чувашской Республике.

Сравнительный анализ итогов ЕГЭ по городу Новочебоксарск за 2005 и 2006 годы показывает, что увеличилось количество выпускников, сдавших ЕГЭ на «5» «4» по таким предметам, как математика (2005 г. – 68 %, 2006 г. – 69%), физика (2005 г. – 62 %, 2006 г. – 74%), химия (2005 г. – 70 %, 2006 г. – 79%), история (2005 г. – 64 %, 2006 г. –72%), география (2005 г. – 53 %, 2006 г. – 80%).  По остальным предметам произошло снижение данного показателя, и наиболее значительно - по русскому языку (2005 г. – 83%, 2006 г – 71%).

По среднему баллу из 100 наиболее высок результат по математике в школе № 4 , гимназии № 6, школе № 12, лицее № 18 (65 и более баллов).

По  образовательным учреждениям с углубленным изучением математики наиболее высоки результаты в лицее № 18:

По русскому языку более результативны итоги  ЕГЭ в школах №№ 3, 13, гимназии № 6 и лицее № 18 (более 60 баллов).

Три выпускника  получили на ЕГЭ 100 баллов:

Николаева Татьяна Сергеевна, русский язык, выпускница гимназии № 6;

Владимиров Иван Юрьевич, математика, выпускник лицея № 18;

Каменщикова Анна Геннадьевна, математика, выпускница лицея № 18.

Отличников подготовили учителя Лаптева Зинаида Тимофеевна (гимназия № 6) и Королева Татьяна Германовна (лицей № 18).