На основании рекомендаций Межведомственной оперативной группы (МОГ) по регулированию режимов работы водохранилищ Волжско-Камского каскада от 11.05.2006 г. Росводресурсы выдали для гидроузлов Волги и Камы новые указания. По прогнозам Росгидромета, в мае-июне приток воды в большинство водохранилищ Волжско-Камского каскада ожидается на 20–35% меньше среднемноголетней нормы. Поэтому график режима работы гидростанций был разработан с учетом создания необходимых запасов воды в целях хозяйственно-питьевого и промышленного водоснабжения, орошения, обеспечения экологических требований, а также условий для судоходства на предстоящий меженный период. При этом режим работы Чебоксарской ГЭС не изменился. Всю поступающую к гидросооружениям воду станция по-прежнему пропускает в режиме транзитного стока. С 25.04.2006 г. по указанию Федерального агентства водных ресурсов уровень верхнего бьефа у плотины гидроузла поддерживается в пределах отметок 63,0-63,3 м. Ранее Чебоксарской ГЭС в паводковый период разрешалось поднимать уровень воды в водохранилище до отметки 63,75 м.

Весенний паводок–2006 в створе Чебоксарского гидроузла начался 6 апреля с постепенного увеличения боковой приточности, он был средним по продолжительности и ниже среднего по своим гидрологическим характеристикам. Тем не менее половодье всегда связано с повышенными нагрузками на оборудование и персонал станции. Главным в это время для гидроэнергетиков является точное выдерживание всех режимов по пропуску «большой воды», поскольку паводок затрагивает интересы всех водопользователей.

По данным на 16 мая среднесуточный уровень верхнего бьефа равен 63,25 м. Расходы воды через Чебоксарский гидроузел за истекшие сутки составили 7 520 м³/с. Пик половдья-2006 на Чебоксарской ГЭС пройден 27 апреля: тогда ежесекундно через гидросооружения сбрасывалось 10 700 кубометров воды. При расходах свыше 8 500 м³/с (пропускная способность турбин гидроагрегатов) открываются холостые водосбросы. Ниже плотины ГЭС (нижний бьеф) вода максимально поднималась 28 апреля до отметки 55,86 м. В настоящее время уровень воды снизился почти на метр (до 54,9 м ). Для сравнения: в «допаводковый» период уровень нижнего бьефа держался на отметке 51,6 м, а расходы воды через сооружения ГЭС составляли 1 900 м³/с.

Сейчас на Чебоксарской ГЭС эксплуатируются все 18 гидроагрегатов. Весь водоток используется для выработки электроэнергии. 22 мая на капитальный ремонт будет выведен гидроагрегат №9.

ОАО «Чебоксарская ГЭС» тесно сотрудничает с администрацией г.Новочебоксарска, что при необходимости позволяет оперативно реагировать на нештатные ситуации. В течение всего паводкового периода на гидростанции проводится сбор гидрологической информации, ежесуточный контроль изменения гидрометеорологической обстановки, уровней воды в верхнем и нижнем бьефах гидроузла. Работают паводковые бригады, проводится ежедневный осмотр гидротехнических сооружений и круглосуточное дежурство ответственных лиц из числа инженерно-технических работников.