Согласно режиму работы ОАО «Чебоксарская ГЭС»  05.04.2006 г., суточный расход воды через гидросооружения станции составил 2340 м3/с, при этом суммарный приток воды в Чебоксарское водохранилище – 2030 м3/с. Уровень воды в верхнем бьефе у плотины гидроузла на отметке 63,25 м, уровень нижнего бьефа – 51,42 м. 

Решение об объемах пропуска паводка принимает Федеральное агентство водных ресурсов, находящееся в ведении Министерства природных ресурсов Российской Федерации, при этом решение согласуется с МЧС России, Минсельхозом России, Росморречфлотом, Росстроем, ОАО "СО – ЦДУ ЕЭС". Решение принимается с учетом интересов всех сторон: МЧС – в части безопасности граждан и имущества, Минсельхоз России – в части сохранения (незатопления) сельскохозяйственных земель, а также в целях орошения и в интересах рыбного хозяйства, Росморречфлот – в части обеспечения условий для судоходства, ОАО «СО-ЦДУ ЕЭС» - обеспечения потребностей энергосистемы (выработка на гидроэлектростанциях Управляемых обществ необходимого объема электроэнергии, а также покрытие пиковых нагрузок). Представители ОАО «ГидроОГК» и ОАО «Чебоксарская ГЭС» участвуют в работе Межведомственной оперативной и рабочей группы по регулированию режимов работы Чебоксарского водохранилища при Росводресурсах.